نخستین کار جالب او تقسیم صحیح و طریقه مهندسی اب زاینده رود به محله ها و باغات شهر اصفهان بود , او با محاسبه دقیق و بدست اوردن امار بارندگی مناطق مختلف اصفهان ,حومه و کوهستانهای اطراف و همچنین سرچشمه زاینده رود , طرح دقیق نهرها و شیب و مقطح انها و سهم استفاده اب هر باغ و محله و منزل , به مشگل و اختلاف چندین ساله این منطقه پایان داد . این منطقه تا قبل از تقسیم اب همیشه در حال نزاع و جنگ و خونریزی قبیله ای برای تقسیم اب بود و با این کار شیخ بهائی این گرفتاری برای همیشه فیصله پیدا کرد . بر اساس این رساله یا ائین نامه که امروزه به ان دفترچه مشخصات فنی میگویند , تقسیم بندی و استفاده سعی از اب زاینده رود قانونمند شد و هنوز بر مبنای همان رونوشت تقسیم مقدار اب باتوجه به حرکت و سرعت و کشش و شیب و حجم مناطق زراعی و باغات و یا برای استفاده عامه مردم مشخص و معلوم شد است . جالبترین محاسبه شیخ بهائی در این است که فصل سیلابی زاینده رود را طی 197 روز اوایل اذر ماه و سپس مدت 168 روز برای جریان عادی و منظم برسی و محاسبه کرده است . جالبتر انکه , این مدت زمان تغیرات و نوسانات تا به امروزه با امار متوسط عوامل جوی اصفهان منطبق بوده و اصالت خود را حفظ کرده است . شیخ بهائی طرز تقسیم بندی جریان اب زاینده رود را با توجه به محاسبات خیلی دقیق به 33 سهم تقسیم نموده که هر سهم معادل 5شبانه روز قسمتی از اب رودخانه است که باید اب موجود در رودخانه به هر محله سرازیر شود که امروزه با نصب دستگاه های مختلف اب سنج ها در نقاط زاینده رود به همان نتیجه رسیده اند که او در 420 سال قبل رسیده بود .

" ساخت مسجد چهار باغ به روی لجنزار "

کار مهم دیگر شیخ بهائی بنای مسجد مشهور چهار باغ است که چون در مسیر یکی از کانالهای اب زاینده رود قرار داشت و امکان پی ریزی ساختمان عظیم و سنگی ان مواجه با اشکال میگردید و ساختمان مذکور هم نمتوانست روی سطح مرداب و لجن های موجود در اطراف ان قرار گیرد و امکان هر گونه خطر برای ساختمان و علی الخصوص برای دیوارهای جانبی گنبد و مناره ها وجود داشت ( این کانال هنوز از وسط مدرسه چهارباغ اصفهان عبور میکند ) دست به یک ابتکار زد . شیخ برای اجرای صحیح این کار پیشنهاد کرد که نخست مقدار زیادی زغال چوب به ضخامت 2 متر در سرتاسر پی ساختمان پراکنده گردد و پس از کوبیدن زغال در کف پی ها روی انرا با ساروج و شفته پر کرده و پی های ساختمان را روی ساروج و شفته مذکور بنا نمایند . این روش که عبارت است از استفاده از زغال چوب برای پی ساختمانهای روی مرداب و لجن زار است بعدها مورد توجه اروپائیان قرار گرفت و پی و شالوده ساختمانهای عظیم خود را بدین طریق ساختن و هنوز هم در بعضی از نقاط به همین روش عمل می کنند . ظمنا" چون باید ملات گل ساختمان مسجد بهم در امیخته و با پا و سایر وسایل بخوبی مخلوط شود و از انجا که هر چه ملات بیشتر پا بخورد چسبندگی گل بهتر شده و خوب عمل میاید , از این لحاظ به دستور شیخ بهائی ابتکاری برای هر چه بیشتر پا زدن گل ها بکار برده شد که ملات بنای مسجد هر روز زیر پای مردم و کودکان اهل اصفهان بلاوقفه پا بخورد و بهم مخلوط و امیخته گردد . ابتکار شیخ بهائی این بود که دستور داد که هر روز صبح چند سکه طلا را در خاک ملات ها بریزند و سپس گل ساخته و به مردم اطلاع دهند که بیایند و سکه ها را برای خود بیابند . مردم گروه گروه گل ملات ها را از صبح لگدمال کرده و تا غروب انروز تعدادی سکه برای خود می جستند و بدین طریق گل ملات ها کاملا بهم امیخته و به قول معمارها عمل می امد , یعنی همین کاری که امروزه هم برای گل خاک رس کاشی سازی به وسیله ماشین های مکانیکی مخلوط کن انجام میگیرد . ( البته امروز این بناء به مدرسه چهارباغ مشهور است...)